La chiesa di San Sebastiano e il vicino museo Diocesano si trovano in uno degli scorci più pittoreschi della città, rappresentato da contrada Mondovì, da diversi anni isola pedonale. La chiesa si trova nel luogo in cui sorgeva l’antica chiesetta di San Giacomo, la cui Confraternità lasciò posto a Cuneo a quella di San Sebastiano, presente a Cuneo inizialmente con una cappella a pianta circolare nei campi all’inizio dell’odierno corso Nizza. Si avvertì però presto la necessità di creare nel cuore della città un luogo di devozione al Santo, protettore contro la peste.
La nuova sede venne trovata nella vecchia chiesetta di San Giacomo di cui gli eventi bellici del 1557 imposero la ricostruzione. Si cominciò dal coro, ad opera dei maestri Fontana e Scala nel 1595 per poi passare all’aula e alla facciata nel 1621. La nuova chiesa venne consacrata nel 1625. Nel 1626 si collocò la pala sopra l’altar maggiore, opera di Molineri da Savigliano, che due anni più tardi affrescò i quattro Evangelisti nei pennacchi della cupola. Nel frattempo terza devozione si era aggiunta a quella dei santi Giacomo e Sebastiano: la Madonna del Carmine.
Ben presto si rese necessario ampliare l’aula dell’oratorio fino a portare (1663) la facciata a filo strada e nel 1730 si costruì la nuova sacrestia e la sala del Consiglio. I migliori artisti locali del momento furono impegnati per lavori di abbellimento e le strutture del presbiterio e coro sono quelle che risultano alla chiusura del cantiere nel 1754. La navata invece è stata rifatta nel XIX secolo: tra il 1830 e il 1844 vennero sfondate le pareti laterali per ottenere le due cappelle di Sant’Anna e del Carmine e l’aula fu dotata di cupola. La facciata, di gusto neoclassico fu compiuta, nella parte inferiore, nel 1844, e ultimata nel 1889. Infine nel 1899 l’ingegner Ponzo costruì il nuovo campanile, neogotico. Ricco è il corredo di statue, a testimonianza delle devozioni praticate dalla Confraternita.
A partire dal 2000, l’intero isolato che circonda la chiesa di San Sebastiano è stato sottoposto a un intensivo lavoro di restauro che ha portato, nel settembre 2012, all’apertura del Museo Diocesano.
Il museo espone prevalentemente opere di proprietà della Confraternita e attraverso video e animazioni racconta la storia della città e del territorio, a partire dall’evangelizzazione ad opera di san Dalmazzo (III secolo d.C.) fino ai giorni nostri. L’allestimento è ospitato nei locali della Confraternita con passaggi negli ambienti storici come la polveriera e la sala del consiglio. Suggestivi affacci sulla chiesa permettono di godere di scorci unici e inaspettati.